どちらも商品を識別するための管理番号ですが、以下内容が異なります。

商品管理番号

重複は許可されていません。
URL、封入物にて使用します。
※商品管理番号で封入物指定する場合は商品管理番号=商品番号とする必要あり

商品番号(商品コード)

重複が許可されています。
以下場面で使用します。
1.商品登録で規格がある場合は商品番号に枝番が付与
2.受注データ、定期データに掲載
3.各種設定(封入物、アップセル・クロスセル、ステップメール、等)で指定可能
4.各種分析の軸となる